故事向前追溯到1968年，当学生运动愈演愈烈之际，某大学的医学部出现了一个奇怪的男子。他有着黑白相间的头发，全身到处都是伤痕，而带着伤疤的脸也成为注册商标。这个男人为了获得医师资格证而学习，他的名字是间黑男，并且他通过自己天才的能力，创造了无数的奇迹。并且被后人称为黑杰克。

外科医生BLACK JACK不仅没有行医执照，而且总是索要巨额的医疗费，使其在医学界素有恶名，然而他高超的手术技巧却无人能及。他否定传统的价值标准，只按照自己对医学的理念行事，因而被权威医学界所排斥，孤立。但他无所畏惧，在助手--小女孩皮诺可（佩佩，贝贝）的协助下，坚定地沿着自己所信仰的医学之路走下去