在科学的世界被称为超能力，在宗教的世界则被称为魔术。这是一部混合了看起来不相容的现实与非现实的世界观的作品。一边是有着夸张技术的机械学园都市，又是充斥着圣书和炼金术的宗教世界，作者将这宛如水与油的两个世界观同时加入到了作品中，成为了一部另类的SF作品。

在学园都市制作的宇宙升降机“恩底弥翁”完成在即之时，上条当麻和茵蒂克丝与拥有“奇迹”的歌声的少女鸣护阿丽莎相遇，然而阿丽莎却会引发魔法世界和科学世界之间的战争，故事也由此展开。