呼呼博物馆地下有一扇终止于此的门，汪汪警察逮捕了想破门而入的犯人，却出现了一辆可疑的车将犯人救走。这次事件的幕后主使是邪恶的股里亚蒂教授，他的目标是秘宝「帕兹」。为了抓住不择手段的冷酷罪犯股里亚蒂，屁屁侦探与国际警察组织的奥多莉搜查官一起合作调查。屁屁侦探在接连不断的谜案中展开推理，最后，股里亚蒂教授引发了一起动摇全镇的事件。

本作改编自田中阳子和深泽将秀双人搭档所创作的绘本，以可爱的大头屁股侦探，与搭档小狗布朗一起，通过犯罪现场的一系列蛛丝马迹，推理追踪犯人的故事……